Để giải quyết vụ tranh chấp liên quan đến Jean Dupuis, thiếu tướng hải quân, thống đốc Dupré từ Sài Gòn đã cử ra Bắc Kỳ một đoàn tàu công tác đặc nhiệm dưới quyền chỉ huy của Francis Garnier. Ngày 23 tháng 10 năm 1873, phái đoàn Garnier tới Cửa Cấm, rồi dùng ghe máy để đi tới Hải Dương, yêu cầu nhà chức trách ở đây cung cấp thuyền đi sông đế đoàn đi Hà Nội. Trên tuyến đường sông, Garnier gởi đến J.Dupuis một bức thơ báo cho ông ta chủ đích của mình.

Ngày 28 tháng 10 năm 1873, Dupuis sau khi nhận được thư của Garnier liền đáp lại là rằng ông ta và thuộc hạ cùng với các thuyền buôn xin đặt dưới quyền điều động của Garnier. Ngoài ra Dupuis còn vẽ sơ phát một bản đồ vùng đồng bằng Bắc Kỳ với nhiều đường sông có thể dùng để đi từ cửa biển vào Hà Nội. Tới ngày 3 tháng 11, Dupuis trên tàu Mang Hào cùng thuộc hạ đón gặp toán ghe thuyền của Garnier, rồi cùng đi về Hà Nội.

Lên đến Hà Nội, đại úy Garnier vào thành ra gặp Nguyễn tri Phương, và đòi đem quân ra đóng ở trong thành. Phía Việt Nam nói mãi, Garnier mới chấp thuận ra đóng ở Tràng Thi. Rồi đại úy Garnier làm tờ cáo thị, cho dân biết, nói rằng: "Bản chức ra Bắc kỳ cốt để dẹp cho yên giặc giã, và để mở mang sự buôn bán".

Gần nơi trú đóng và kho chứa hàng, cất giữ súng đạn của Dupuis xảy ra đám cháy. Dupuis báo cáo với Garnier là chức quyền Hà Nội ngầm cho người thiêu hủy những kho chứa hàng nầy. Garnier liền cho thủ hạ đi điều tra nhưng không tìm thấy chứng cớ gì để quy trách chức quyền Hà Nội về những đám cháy. Đồng thời Garnier cũng gửi thư yêu cầu Nguyễn Tri Phương phải trả tự do ngay cho trưởng đồn canh đã mở cổng thành Hà Nội cho Garnier đi vào khi chưa có lệnh của cấp trên.

Nguyễn Tri Phương không đáp ứng yêu cầu của F.Garnier và, theo lệnh của triều đình Huế, Nguyễn Tri Phương yêu cầu Garnier phải thi hành nhiệm vụ trục xuất đoàn người đi buôn Jean Dupuis còn vấn đề tự do thông thương buôn bán thì cần phải chờ kết quả của cuộc hội nghị giữa triều đình Huế và chính quyền Pháp ở Sài Gòn.

Để làm áp lực, Garnier cho dàn quân trước thành, và cho Dupuis đưa thủ hạ đến bố trí trước một cửa thành khác. Ngày 9 tháng 11, F.Garnier cử tàu Mang Hào đi gọi tăng viện thêm quân hiện có mặt trên đoàn tàu chiến còn thả neo ngoài cửa Cấm. Nguyễn Tri Phương chịu trả tự do cho trưởng đồn canh nhưng Garnier lại gởi một tối hậu thư bắt buộc các chức quyền người An Nam phải để cho toàn miền Bắc Kỳ được tự do thông thương buôn bán. Dẫu quan Việt-nam có thuận hay không cũng mặc, đại úy Garnier cứ theo lệnh của Súy phủ mà thi hành. Mặt khác Garnier bàn bạc với Dupuis định ngày đánh thành và bắt ông Nguyễn Tri Phương giải vào Sài Gòn.